Rada Naukowo-Programowa MCBFS jest organem o charakterze doradczo-opiniodawczym. Podstawowym jej zadaniem jest opracowanie i przyjęcie Uchwały Programowej Centrum na daną kadencję, obejmującej ogólne i szczegółowe zadania związane z celami funkcjonowania Centrum.

W skład Rady Naukowo-Programowej MCBFS wchodzą specjaliści z różnych dziedzin nauki a także instytucji społecznych, których wiedza i doświadczenie stanowią istotny potencjał dla rozwoju Centrum. 

Członkowie Rady wg kolejności alfabetycznej:

1. Ks. dr hab. Piotr Andryszczak (UPJPII)
2. Dr Paulina Bednarz-Łuczewska (Akademia Leona Koźmińskiego)
3. Ks. prof. dr hab. Tadeusz Biesaga SDB (UPJPII)
4. Ks. prof. dr hab. Tadeusz Borutka (UPJPII)
5. Prof. dr hab. Krzysztof Brzechczyn (UAM)
6. Prof. dr Rocco Buttiglione (IFES – Instituto de Filosofia Edith Stein - Hiszpania)
7. Dr hab. Piotr Duchliński (AIK)
8. Ks. dr Rafał Dudała (Uniwersytet Jana Kochanowskiego w Kielcach)
9. Prof. dr hab. Jarosław Górniak (UJ)
10. Ks. dr hab. Grzegorz Hołub prof. UPJPII
11. Dr hab. Tomasz Homa SJ prof. AIK
12. Dr Marta Kwaśnicka (UPJPII)
13. Dr Michał Łuczewski (Centrum Myśli JP2)
14. O. dr hab. Jan Mazur OSSPE prof. UPJPII
15. Ks. prof. dr hab. Piotr Mazurkiewicz (UKSW)
16. Prof. dr Emilio Morales de Barrera (Universidad San Sebastián - Chile)
17. Dr Paweł Rojek (UJ)
18. Prof. Dr Aaron Riches (IFES – Instituto de Filosofia Edith Stein - Hiszpania)
19. Prof. Dr Mátyás Szalay (IFES – Instituto de Filosofia Edith Stein - Hiszpania)
20. Dr hab. Krzysztof Woźniewski prof. UG (KK NSZZ „Solidarność”)
21. Ewa Zydorek (KK NSZZ „Solidarność”)