W skład Zarządu MCBFS wchodzą:
- Dyrektor: Ks. prof. dr hab. Władysław Zuziak (UPJPII)
- Wicedyrektor: Dr Jakub Synowiec (UPJPII)
- Sekretarz: Dr Amadeusz Pala (UPJPII)
- Prof. IFES Artur Mrówczyński-Van Allen (Instituto de Philosophia Edith Stein, Granada, Hiszpania)
- Jarosław Wasilka (KK NSZZ "Solidarność")