Zarząd MCBFS jest organem wykonawczym Centrum. Zgodnie ze statutem obszar działania Zarządu to:

• realizacja Uchwały Programowej oraz związanych z nią projektów i programów badawczych, dydaktycznych, eksperckich i promocyjnych, oraz innych mających na celu rozwijanie działalności MCBFS zatwierdzonych przez Radę Naukowo- Programową
• czynne zabieganie o fundusze na realizacje celów programowych, prowadzenie postępowań związanych z uzyskiwaniem grantów w programach badawczych, dydaktycznych, eksperckich i promocyjnych oraz innych mających na celu rozwijanie działalności MCBFS, przyjętych do realizacji na corocznym Posiedzeniu Rady Naukowo-Programowej
• przedstawienie na corocznym Posiedzeniu Rady Naukowo-Programowej rocznego planu działania Centrum
• składanie rocznego sprawozdania z działalności Centrum na corocznym Posiedzeniu Rady Naukowo-Programowej
• omawianie i planowanie działalności MCBFS oraz przedstawianie projektu budżetu, jego realizację i sprawozdanie z wykonania
• przygotowywanie budżetu MCBFS
• opracowywanie i przedstawianie w imieniu Centrum wniosków o finansowanie zatwierdzonych przez Radę projektów badawczych, dydaktycznych, eksperckich i promocyjnych, oraz innych mających na celu rozwijanie działalności MCBFS.

W skład Zarządu MCBFS drugiej kadencji (2024-2029) wchodzą:

o dr hab. Marek Urban CssR, prof. UPJPII - Dyrektor

dr Jakub Synowiec - Wicedyrektor

dr Amadeusz Pala - Sekretarz

Jarosław Wasilka - Członek

prof. Krzysztof Woźniewski - Członek

Skład Zarządu MCBFS pierwszej kadencji (2018-2023):

ks. prof. Władysław Zuziak - Dyrektor

dr Jakub Synowiec - Wicedyrektor

dr Amadeusz Pala - Sekretarz

Jarosław Wasilka - Członek

Artur Mrówczyński Van Allen (+2022) - Członek

Wspólna fotografia członków zarządu MCBFS I kadencji i Rady Koordynatorów. Od lewej: Jarosław Wasilka, +Artur Mrówczyńśki Van Allen, Władysław Zuziak, Jakub Synowiec, Bogdan Biś, Jarosław Jagiełło, Amadeusz Pala